Монгол Улсад орчин цагийн музей 1924 онд байгуулагдсан бөгөөд 1956 онд өөрийн гэсэн байртай болж Улсын Төв Музей нэртэйгээр музейн үйл ажиллагааг явуулж эхэлжээ. Улсын Төв Музей нь соёлын өв болон байгалийн чиглэлээр өргөн хүрээнд цуглуулга, дэглэлтээ хийж ирсэн ба музейн цаашдын хөгжил дэлхийн нийтийн чиг хандлагыг үндэслэн төрөл чиглэлээр нь хөгжүүлэх зорилгоор 1991 онд Улсын төв музейг хэд хэдэн чиглэлээр хуваан төрөл чиглэлийн музейнүүд хөгжиж эхэлсэн.

Энэ үед Улсын Төв Музейн байгалийн тасгийг төрөлжүүлэх хөгжүүлэх шийдвэр гарч Байгалийн Түүхийн Музейг байгуулсан байна. Байгалийн түүхийн музей нь Монгол орны байгалийн өвөрмөц онцлог, зүй тогтоц, түүнд тархсан биологийн олон янз байдлыг нэг дор үзэх, танин мэдэхүйн цогц мэдээлэл, мэдлэг олгодог боловсрол, сургалт, сурталчилгааны хамгийн том төрөлжсөн төв гэж үздэг.  

1956 онд ашиглалтанд орсон музей барилгын ашиглалтын хугацаа дуусаж цаашид нийтэд үйлчлэх боломжгүй болсон тул 2013-2019 оны хооронд  нийтэд үйлчлэх үйлчилгээгээ түр хугацаанд зогсоож байв.

Улмаар Монгол Улсын Засгийн газрын 2019 оны 05 дугаар сарын 01-ний өдрийн хуралдаанаар “Шинэхэн групп” ХХК-ийн АСЕМ-ын дээд хэмжээний Үндэсний хурлын танхим, зочид буудал, аялал жуулчлалын зориулалтаар барьж байсан 140 метрийн урттай, 56 метрийн өргөнтэй цогцолбор барилгын суурь, 2 блок барилгын үндсэн карказын зориулалтыг өөрчлөн Байгалийн түүхийн музейн шинэ барилга барих шийдвэр гаргасан байдаг. Энэхүү музей нь Монгол Улсад орчин цагийн музей үүсэн байгуулагдсаны 100 жилийн түүхэн ойн босгон дээр байгуулагдаж байгаагаараа онцлог.

Монгол Улсын Ерөнхийлөгч Ухнаагийн Хүрэлсүх музейн барилгын ажлын нээлтэд хэлсэн үгэндээ,

"Энэхүү музейн бүтээн байгуулалт бол зөвхөн Монгол Улсын иргэдэд хамаатай цогцолбор бус нийт хүн төрөлхтний хувьд үр шимийг нь хүртэх мэдлэгийн эх булаг байх ёстой. Бид өнөө ба ирээдүйн ард иргэдийнхээ мэдлэг, оюуныг тэтгэн хөгжүүлэхийн төлөө төдийгүй нийт хүн төрөлхтний сайн сайхны төлөө энэхүү бүтээн байгуулалтын ажлыг гүйцэтгэж байгаагаа гүнээ ухамсарлан, нэгэн зорилгод нэгдэн ажиллах учиртайг үгийнхээ төгсгөлд тэмдэглэн хэлье” гэлээ.

• 38,406.35 м.кв ашигтай талбай
• 12 байнгын үзүүллэгийн танхим
• Түр үзэсгэлэнгийн танхим, планетариум танхим, амфитеатр,
• Номын сан, хурлын танхим
• В1 давхарт 540 автомашины зогсоолтой байхаар төлөвлөгдсөн.

Энэхүү бүтээн байгуулалт ашиглалтад орсноор Ази тивдээ барилгын талбайн хэмжээгээр эхний 7 дугаар жагсах томоохон хэмжээний үндэсний бүтээн байгуулалт болох юм.

Энэ талаар Соёл, спорт, аялал жуулчлал, залуучуудын сайд Ч.Номин хэлэхдээ, 

“Байгалийн шинжлэх ухааны Үндэсний музейн гол онцлог нь олон улсын чиг хандлагад нийцсэн үзэгч суурьтай боловсролын хөтөлбөрийг илүү давамгай байхаар төлөвлөсөн. Өөрөөр хэлбэл оюутан сурагчид маань танхимаар үзсэн хичээлээ бататгах боломжтой. Хамгийн гол бидний зорилт бол шинжлэх ухаан суурьтайгаас гадна орчин үеийн технологи ашигласан, олон улсын стандарт, шаардлагад нийцсэн ирээдүйн технологи ашигласан, ирээдүйн чиг хандлагатай музей болох юм.

Мөн гэр бүлээрээ хүрэлцэн ирж чөлөөт цагаа зөв боловсон өнгөрүүлэх соёл, аялал жуулчлал, шинжлэх ухаан, танин мэдэхүйн томоохон орон зай болох юм” гэлээ.